A Barsburgi Birodalom Katonai Akadémiája az elit képzéséről ismert, akik győzelmet hoznak a birodalomnak. Az akadémia hallgatói szabadon használhatják a "Zaiphon" nevű képességet a harcra, míg a Zaiphon használható típusai a katona természetétől függenek.

Teito Klein, az akadémia hallgatója az egyik legígéretesebb katona. Bár mindenki nevetség tárgyává teszi, mert sklave (németül rabszolga), akinek nincsenek emlékei a múltjáról, összebarátkozik egy diáktársával, akit Mikage-nek hívnak. A záróvizsgára készülve Teito egy múltjával kapcsolatos sötét titkot tár fel. Amikor Ayanami-nak, az apját megölő magas rangú tisztviselő meggyilkolására tett kísérlete kudarcot vall, Teitót bezárják, és a büntetésre vár.

Mivel csak a legjobbat akarja Teitónak, Mikage segít neki megszökni. Teito a 7. kerületi templomban köt ki, ahol a püspökök befogadják. Teito itt próbál kikerülni Ayanami és a katonaság kezéből, hogy újra felfedezhesse emlékeit, és megtudja, miért ő az a személy, aki megváltoztathatja a világ sorsát.