A különc, magát őrült tudósnak kikiáltott Okabe Rintarou egykori önmagának héjává vált. Depressziós és traumás állapotban, miután nem sikerült megmentenie barátját, Makise Kurisut, úgy döntött, elhagyja őrült tudós alteregóját, és hétköznapi egyetemistaként él. Okabe barátaival körülvéve, akik keveset tudnak az időutazási élményeiről, napjait azzal tölti, hogy egyedül felejtse el kalandjainak borzalmait. Miközben recepciósként dolgozik egy főiskolai technológiai fórumon, Okabe találkozik az alacsony, vagány Maho Hiyajoval, aki később kiderül, hogy ő a tolmács a fórum előadásán, amelyet Alexis Leskinen professzor vezetett. A döbbent tömeg előtt Alexis és Maho leleplezik az Amadeust – egy forradalmi mesterséges intelligenciát, amely képes eltárolni egy személy emlékeit, és tökéletes szimulációt készíteni az illető személyiségéről és furcsaságairól. A bemutató után Mahóval és Alexisszel találkozva Okabe megtudja, hogy ők ketten Kurisu kollégái voltak az egyetemen, és szimulálták őt az Amadeusban. Alexis felbérelte a szimuláció viselkedésének kutatására, Okabe lehetőséget kap arra, hogy kapcsolatba lépjen egy rég nem látott kedves barát árnyékával. A múltban veszélyesen kusza Okabe-nek szembe kell néznie a rideg valósággal, és óvatosan kell manővereznie az idő természetes folyásának megzavarásával járó katasztrofális következményekkel.