Scooby, Shaggy és a Mystery Inc. egy elhagyatott sivatagi városban ragadnak. A csapat hamarosan repülő csészealjakba, titokzatos tudósokba és nem éppen barátságos földönkívüliekbe botlik. A csapat egyszercsak az egyik repülő csészealjon találja magát, de ami még ennél is érdekesebb, Shaggy és Scooby, mindketten szerelmesek lesznek.