Miután egy hátborzongató háború pusztítást végzett a lakosságon, a világ kormányai megfoghatatlanabb taktikához fordultak, hogy előmozdítsák programjaikat, a háború az árnyékban vívott. Lily, egy gyönyörű, fehér tincsű lány, a sok olyan intézmény egyikének tanulója, amelyek alkalmas kémekre nevelnek fiatalokat. Sajnos annak ellenére, hogy az írásbeli vizsgákon jó eredményeket ért el, csak alig sikerül átmennie a gyakorlatokon. Valós világbeli készségekről nem is beszélve, reményei a diploma megszerzésére siralmasak, amíg fel nem ajánlják neki, hogy csatlakozzon a titokzatos "Tomoshibi" csapathoz, és részt vegyen egy járhatatlan küldetésben. Lily lelkesen elfogadja az elittel való együttműködés lehetőségét. Amikor azonban megérkezik a Kagerou-palotába, elnémul, és fény derül Tomoshibi valódi céljaira és kilátástalan helyzetére.