A .hack//Liminality sorozat első kötetében egy japán iskolás lány, Mai Minase és barátja, Tomonari Kasumi egy online számítógépes játék miatt eszméletlen lett, és kórházba szállították. Mai Minase szerencsére magához tért, de Tomonari továbbra is kómában van. Később az incidens után Mai egy nap iskolába tart, mígnem összefutott egy Junichiro Tokuoka nevű férfival, aki azt állítja, tudja, mi okozta barátja, Tomonari kómát. Mai akkoriban nem ismerte, vagy nem hisz neki. Később Mainak nem volt más választása, mint hinni Tokuokának, és megpróbálja kideríteni, hogyan tette ezt Tomonarival a népszerű online játék, a "The World". Mai és Tokuoka találhatnak nyomokat a világról, és felébreszthetik Tomonari Kasumit a kómából?