Kasumi Kogen, ami fordításban "A köd faluja", valahol Japán vidékén található. Ebben a városban van egy iskola, a Shinobi Gakuen, ahol hozzáértő diáklányok gyűlnek össze Japán-szerte és edzenek, hogy kunoichi (női ninja). Kasumi Kogen emberei az iskola öregdiákjai, futnak, ugranak és eltűnnek, mintha az egész város egy nagy ninja-ház lenne.

A történet akkor kezdődik, amikor egy lány, Himawari Hinata megérkezik Kasumi Kogenbe. Shinobi Gakuenbe költözött, hogy Ichikawa Raiso irányítása alatt edzzen, és teljesítse azt az álmát, hogy kunoichi legyen, amelyet támogatott, amióta gyermekkorában megmentette az ember. Első nap találkozik Hayato Marikojival, egy tanárral, aki éppen most érkezik Shinobi Gakuenbe, és megmenti az életét. Hayato nem rendelkezik nindzsa képességekkel; a normális japán társadalomról tanítja a hallgatókat, hogy megfizessenek egy nagy adósságot, amely eredetileg barátja adóssága volt, de átruházták neki. Himawari azonban észreveszi, hogy Hayato ugyanolyan nyomot visel a nyakán, mint a ninja, aki fiatalon megmentette.

Himawari! Himawari és kunoichi útjának története, valamint a tanára védelmére tett fogadalom története.