Főhősünk még csak tízéves, de már majdnem biztos benne, hogy a Mikulás nem létezik, és a karácsony csak a szülők trükkje, amikor az éjszaka közepén hatalmas robajjal egy csillogó fekete vonat áll meg közvetlenül a házuk előtt. A kalauz azt mondja, érte jöttek. Miután hitetlen hősünk habozva felszáll, a Polar Expressz pöfögve megindul apró pizsamás utasaival az Északi-sarkra, hogy ott részesei lehessenek annak az ünnepi pillanatnak, amikor a Mikulás a manók jelenlétében átadja az általa kiválasztott gyermeknek az első karácsonyi ajándékot.