Javában dúl a hidegháború. Indiana Jones tevékenysége is szemet szúr a hatóságoknak, a régészprofesszort ki akarják rúgni az egyetemről. Jones találkozik az ifjú Mutt-tal, aki a segítségével meg akarja szerezni a legendás kincset, Akator kristálykoponyáját. A két kincsvadász Peruba utazik, ám kiderül, hogy a szovjetek személyében vetélytársuk is akad. Az oroszok ugyanis azt hiszik, hogy a koponya segítségével leigázhatják a világot. Csapatukat a jéghideg szépség, Irina Spalko vezeti. Indiana és Mutt meg akarja akadályozni, hogy a varázslatos erejű koponya az ellenség kezébe kerüljön.