Xaviér professzor (Patrick Stewart) segítségével a mutánsok megtanulják irányítani és a jó ügy érdekében felhasználni képességeiket. Most azonban válaszút elé kerülnek: megőrzik különleges képességüket vagy feladják adottságaikat, és beilleszkednek a társadalomba. A kormány által kifejlesztett gyógyszer megszüntetné a másságukat, valójában a megsemmisítésük a cél. Farkas (Hugh Jackman), Ciklon (Halle Berry), Vadóc (Anna Paquin) és a többi mutáns rájönnek az igazságra, ám addigra már elszabadul a pokol.