Mutánsok élnek köztünk. Emberek ők is, de a genetika véletlene folytán különleges képességekkel születtek. Van köztük, aki olvas mások gondolataiban, van, aki átsétál a falon, vihart támaszt, vagy ölni tud a puszta tekintetével. Az emberek nem ismerik őket, ezért félnek tőlük. A mutánsok egy része pedig retteg ettől a félelemtől, ezért a zseniális Magneto (Ian McKellen) vezetésével háborúra készül. Ám működik egy különleges intézet, ahol a rejtélyes X professzor (Patrick Stewart) X-Men nevű különleges csapatával mindent megtesz, hogy a mutánsok rosszabb felétől megvédje az emberiséget.